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Diagnose von Viren und virusähnlichen Schaderregern mittels Hochdurchsatzsequenzierungen (NGS)
Projekt
Förderkennzeichen: 2815ERA02K, JKI-EP-08-2288
Laufzeit: 01.07.2016
- 30.06.2018
Fördersumme: 149.064 Euro
Forschungszweck: Angewandte Forschung
Ziel dieses Projektes ist die Entwicklung und Validierung eines methodischen Gesamtkonzeptes zur Detektion und Charakterisierung von Pflanzenviren und virusähnlichen Schaderregern an Leguminosen und Gemüse durch Next-Generation Sequencing-(NGS)-Technologien. Dieses umfasst die Probenentnahme und –aufbereitung sowie die Vorbereitung für Hochdurchsatzsequenzierung sowie die Entwicklung einer bioinformatischen Pipeline zur Datenauswertung. Teilaspekt 1: Entwicklung und Validierung von Abläufplänen von Probenaufbereitung bis einschließlich Datenanalyse. Dabei Optimierung und Vergleich verschiedener Nukleinsäureaufbereitungsmethoden aus verschiedenen pflanzlichen Matrizen (dsRNA Extraktion, dsRNA Anreicherung mittels dsRNA-spezifischer Antikörper, siRNA Extraktion, Sequenzierung nach Rolling Circle Amplification (RCA) viraler DNA). Desweiteren Vergleich in-house Libraryerstellung vs. Erstellung der Library durch kommerzielle Sequenzierfirmen. Sequenzierungsarbeiten durch kommerzielle Anbieter. Adaption einer bioinformatischen Pipeline an die am JKI genutzte Analyseplattform (Galaxy) zur Auswertung der Sequenzierdaten. Teilaspekt 2: Validierung der entwickelten Protokolle durch Laborvergleichsuntersuchungen. Veröffentlichung der erzielten Sequenzierergebnisse in Fachpublikationen bzw. Hinterlegung in öffentlichen Referenz-Datenbanken. Teilaspekt 3: Untersuchung von nicht-charakterisierten Pflanzenproben aus der JKI-Virussammlung (Virothek) und Probeneinsendungen von Kooperationspartnern sowie Proben von kommerziellen Anbauern und Feldversuchen mit unbekanntem Virusstatus. Schlagworte: EUPHRESCO II, Kartoffel, Erbse, Bakterien, Pilze, Phytoplasmen
Abschnittsübersicht
Fachgebiete
- Pflanzenschutz
