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Verbundprojekt: Entwicklung eines praxistauglichen Diagnoseverfahrens für Tobacco Rattle Virus in Kartoffel - Teilprojekt 1 (TRV2GO)

Projekt


Förderkennzeichen: 2814904415
Laufzeit: 24.04.2017 - 23.04.2020
Fördersumme: 202.103 Euro
Forschungszweck: Angewandte Forschung
Stichworte: Kartoffel, Monitoring, Lebensmittelverarbeitung, Pflanzenkrankheiten (Viren, Bakt., Pilze, Phytoplasmen), Ackerbau, Gemüsebau

Die viröse Eisenfleckigkeit, ausgelöst durch das Tobacco Rattle Virus (TRV), ist durch herkömmliche Methoden (ELISA) nicht sicher diagnostizierbar, da verfügbare Antiseren lediglich gegen das Hüllprotein gerichtet sind. Die genomische TRV-RNA1 kann aber auch ohne Hüllprotein Infektionen hervorrufen und sich systemisch in der Pflanze ausbreiten (NM-Typ). Deren Nachweis erfolgt z.Z. mit molekularen Methoden, die auf das (+) ssRNA Genom des Virus zielen (RT-PCR). Aufgrund ungleicher Verteilung des Virus in der Pflanze ist dies jedoch lückenhaft und aufwändig. Daher wird in TRV2GO die Etablierung zuverlässiger, einfacher, ohne spezielle Ausstattung durchführbarer TRV-Nachweistests angestrebt. Dazu kommen verschiedene Methoden zum Einsatz: 1. Produktion polyklonaler Anti-Transportprotein (TP)-Seren, 2. Antiserum basierter Virusnachweis auf Biochips, 3. Nachweis: RNA2-freier TRV-Isolate durch isothermaler Rekombinase Polymerase Amplifikation (RPA) mit/ohne immunocapture von RNA1/TP-Komplexen. Zunächst wird die Sequenzvariabilität der Gene der Transportproteine deutscher TRV-Isolate ermittelt. Es folgt das wissensbasierte Design von Expressionskassetten zur Erstellung repräsentativer Varianten definierter TRV-TP-Fragmente für die Erstellung polyklonaler Antiseren, die dann auf ihre Spezifität zum Nachweis nativer und denaturierter TPe geprüft werden. Parallel wird die RPA für den ermittelten Genabschnitt optimiert. Anschließend soll das anti TP Antiserum zur Anreicherung von TP/TRV-RNA1 für die RPA, für den immunologischen TRV Nachweis auf einem Biochip, sowie für ein immunocapture im ELISA-Verfahren genutzt werden. Die neuen Methoden werden in der Praxis evaluiert. Zudem erfolgen Ertragsversuche auf gefährdeten Flächen, Bodenbeprobungen sowie Testungen verschiedener Sorten auf ihre TRV Anfälligkeit. Der Nachweis der Wirkung definierter TRV-Isolate und auf die Produktion marktfähiger Ware dient der Entwicklung eines descision/support-Systems für die Sortenwahl.

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