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SYNBREED R2: Entwicklung eines SNP-Diversitätspanel beim Huhn
Projekt
Förderkennzeichen: 0315526
Laufzeit: 01.01.2009
- 31.12.2014
Forschungszweck: Grundlagenforschung
In diesem Verbundprojekt werden DNA Proben von 100 genetisch diversen Hühnerrassen gewonnen, die in der Technologieplattform T2 mit einem 60k SNP-Array typisiert werden. Die resultierenden Daten sind eine wesentliche Grundlage der in A4 geplanten populationsgenomischen Untersuchungen. Gleichzeitig werden diese Daten zur hochauflösenden Analyse phylogenetischer Beziehungen zwischen den untersuchten Populationen verwendet und, wenn vorhanden, mit Ergebnissen von Mikrosatellitendaten in Bezug gesetzt. Die für die Arbeiten vorgesehenen Hühnerpopulationen schließen kommerzielle Zuchtlinien sowie eine Auswahl diverser Rassen aus unterschiedlichen Kontinenten ein. Dafür kann im Projekt auf die im FLI-NG etablierte Hühner DNA Bank zurückgegriffen werden. Für diese Populationen liegen bereits Genotypisierungsergebnisse an 29 Mikrosatellitenloci vor, die für die Auswahl der Populationen Verwendung finden. Es werden hoch und wenig polymorphe Populationen sowie unverwandte und eng verwandte Populationen ausgewählt. Von ca. 2/3 der zu untersuchenden Populationen werden Proben neu gesammelt und neben molekularen auch phänotypische Informationen erhoben. Es wird ein standardisiertes Protokoll für die phänotypische Charakterisierung genetischer Diversität beim Huhn erarbeitet, das sowohl diskrete als auch kontinuierliche morphologische Merkmale einbezieht. Multivariate Verfahren der Datenanalyse werden die Kombination aus den informativsten genetischen und phänotypischen Markern identifizieren, die in zukünftigen Biodiversitätsstudien Verwendung finden können.
Abschnittsübersicht
Fachgebiete
- Tierzucht